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1. Acesse o cPanel;
2. Na seção “#segurança”, clique no item ssl/tls;
3. Na seção “#instalar e gerenciar ssl para seu site (https)”, clique em Gerencie sites SSL;
4. Na seção “#gerenciar sites ssl instalados”, escolha qual domínio deseja alterar o SSL;
5. Na coluna “Ações” estão dispostas as ações permitidas.
OBS: Se você quiser atualizar o certificado, basta clicar no link de mesmo nome e inserir o novo CRT.
Se tiver dúvidas de como fazer, acesse o artigo Adicionar SSL.